以畜禽粪便为主要原料的有机肥料成为农田抗生素污染的重要来源。在当前的畜牧业中，抗生素已经成为养殖的必要手段，特别是人们常用的鸡粪、猪粪等有机肥，抗生素的含量也是骇人的。

中国科学院广州地球化学研究所的2015年公布的研究结果表明，2013年中国抗生素总使用量达到约16.2万吨，其中48%被用于人体医疗系统，另外高达52%的抗生素则直接被用于农业养殖。

养殖户为了防止禽畜生病传染，往往会喂养大剂量的抗生素，而这些抗生素大部分都没有被吸收，大约有60%～90%以原药和代谢产物的形式随着禽畜粪便排出。也就是说有有5万-7.5万吨抗生素随着粪便排出大部分下地或被做成有机肥。而这些粪便往往会直接施用在田里或者以其他形式做成有机肥施用到田里，这种抗生素一部分很可能被植物吸收，最终又被人体吸收，而另外一部分在富集在土壤中，给地下水等造成威胁。

鸡粪等作为一种价格低廉的有机肥，在我国种植业中使用还是非常普遍的，然而由于其价格低廉，往往不会关注抗生素指标，也不会去处理抗生素含量超标问题。

一旦有机肥厂家面临抗生素限制问题，必然需要成本去处理抗生素，这也将导致生产成本大幅度提高，更会使得这类产品失去竞争力，鸡粪只是养殖业副产物，解决这个问题根本在于养殖业的规范与技术革新，显然，有机肥行业是没办法去引导上游行业，这也势必造成鸡粪使用面临限制与淘汰！

2016年6月14日，最后一个农用硫酸链霉素登记证件到期，不再续展，农用硫酸链霉素正式退出农药舞台。早在2011年，第八届全国农药登记评审委员会第九次会议决定：停止受理和批准硫酸链霉素的新增田间试验、农药登记，已批准含有硫酸链霉素的产品，其登记证件到期后不再办理续展登记。

农药链霉素的被禁，也是国家对于抗生素滥用问题反思，而关注有机肥中抗生素超标，也是这种思路的延续，这对于人们生命健康是有利的。